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使用App

更新時間：2024-07-05 23:18
社區

App 是阿里雲批次運算新推出的一個功能，支援第三方軟體封裝成 App，供其他使用者使用。App 是批次運算中資源配置的模板，包括使用什麼鏡像，什麼執行個體類型，VM 個數等描述資訊。

查看 App

擷取 App 列表

bcs a

擷取 App 參數

bcs a :cromwell  # 查看詳情
bcs a 1          # 或者使用序號也一樣

查看 App 詳情

說明，只能查看私人的（自己建立的）App 詳情。 詳情包括軟體使用的鏡像，啟動並執行命令列等資訊。

bcs a my-app 0  # 查看第0個修訂版本的詳情

建立私人 App

使用 create_app|ca 命令建立私人 App。

使用命令：

bcs create_app|ca <app_name> <cmd> [option]

您可以加個 -h 查看協助 bcs ca -h。

最簡單建立 App 的方法

bcs ca my_app "echo 123" -i img-ubuntu

您也可以使用另一種方式： 直接使用 app 描述檔案提交：

先準備一個 app 描述檔案： ./myapp.json

{
    "Name": "myapp",
    "EnvVars": {},
    "Description": "", 
    "CommandLine": "echo 123",
    "OutputParameters": {}, 
    "VM": {
        "ECSImageId": "img-ubuntu"
    },
    "Daemonize": false, 
    "InputParameters": {}, 
    "Config": {
        "InstanceCount": {
            "Default": 1, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "ResourceType": {
            "Default": "OnDemand", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "DiskType": {
            "Default": "cloud_efficiency ", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "MaxRetryCount": {
            "Default": 0, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "Timeout": {
            "Default": 86400, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "MinDiskSize": {
            "Default": 40, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "MinDataDiskSize": {
            "Default": 100, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "DataDiskType": {
            "Default": "cloud_efficiency ", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "DataDiskMountPoint": {
            "Default": "/home/mount/", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "InstanceType": {
            "Default": "", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }
    }
}

然後通過命令提交：

bcs ca --file myapp.json

還可以指定 option 覆蓋 app.json 中的配置：

bcs ca --file myapp.json -t ecs.s3.large

修改和刪除

bcs ua -h         # 修改自訂 App 的說明
bcs da -h         # 刪除自訂 App 的說明

請使用-h 查看協助。

提交 App 作業

  • 目前僅支援 AutoCluster 作業，不久將來會支援 Cluster。

使用 asub 命令快速使用 App 提交作業。

bcs asub <app_name> -h  # 查看指定 App 提交作業的參數等， 每個 App 提交參數是不一樣的。

如： bcs asub cromwell -h

  • --input_ 開頭的 option，用來指定 app 的 input 參數, 您也可以換成 --input-from-file_ 開頭， 參數值如果是正確的本地檔案路徑，該檔案將被自動上傳到預設的 OSS 路徑下面。

  • --output_ 開頭的 option，是用來指定 output 參數的。

另外還可以使用 --config 來指定 App config 中的參數，比如：

bcs asub <app_name> --config MinDataDiskSize=800,DataDiskType='cloud_efficiency',DataDiskMountPoint='/home/mount/' --input_input1 oss://your-buckit/input1/ --output_output1 oss://your-bucket/output1/

關於 App 的 config 參數詳情，請參考 App 的 API文檔。

對 cromwell 工作流程引擎和 WDL 的支援

批次運算服務提供了公用的 App: cromwell, 用來支援 WDL 編寫的工作流程。

您可以使用 gen 命令，快速建立特定的模板代碼。 目前（編寫此文檔時）支援 WDL 和 GATK 兩種模板。

舉例：

bcs gen ./demo -t wdl

這個命令在目前的目錄下建立一個 demo 目錄，並產生一個簡單的 WDL 流程代碼。

demo
  |-- src
    |-- hello.wdl
    |-- inputs.json
    |-- options.json
  |-- main.sh     # 提交 App 作業的命令
  |-- Readme.md   # 新手必讀

修改 hello.wdl 和 main.sh 中的 OSS 路徑，運行 main.sh 提交作業即可。

同理支援 GATK，運行以下命令建立一個 GATK 工程範例：

bcs gen ./demo -t gatk
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