Tomcat作为一款流行的Java应用服务器，支持使用JKS（Java KeyStore）和PFX（也称为PKCS12）两种格式的证书进行HTTPS配置。选择使用哪种格式主要取决于您的具体需求、现有资源以及与周边系统的兼容性等因素。
JKS是Java的标准密钥库格式，被广泛应用于基于Java的应用和服务中。如果您主要在Java环境中工作，且使用的工具和脚本都与JKS兼容良好，那么选择JKS可能更为自然和方便。
PFX是一种跨平台通用标准，不仅被Java支持，也被其他非Java环境（如Windows系统、IIS服务器、各种编程语言的SSL库等）广泛接受。如果您需要在多种技术栈之间共享证书，或者与非Java系统有紧密集成，PFX可能提供更好的互操作性。