Tomcat作為一款流行的Java應用伺服器，支援使用JKS（Java KeyStore）和PFX（也稱為PKCS12）兩種格式的認證進行HTTPS配置。選擇使用哪種格式主要取決於您的具體需求、現有資源以及與周邊系統的相容性等因素。
JKS是Java的標準密鑰庫格式，被廣泛應用於基於Java的應用和服務中。如果您主要在Java環境中工作，且使用的工具和指令碼都與JKS相容良好，那麼選擇JKS可能更為自然和方便。
PFX是一種跨平台通用標準，不僅被Java支援，也被其他非Java環境（如Windows系統、IIS伺服器、各種程式設計語言的SSL庫等）廣泛接受。如果您需要在多種技術棧之間共用認證，或者與非Java系統有緊密整合，PFX可能提供更好的互通性。